Der Ort Ganderkesee ist eine uralte Siedlung, die hier auf der hohen, trockenen Geest schon vor Jahrtausenden in der Steinzeit angelegt wurde, was Bodenfunde beweisen. Urkundlich erwähnt wird Ganderkesee zuerst im Jahre 860 nach Chr. als "Gandrikesarde". Der Name setzt sich aus dem germanischen Vornamen "Gandrik" und "Arde" (Erde) zusammen.

Die zentrale Lage Ganderkesees im Mittelpunkt des westlichen Largaues, die das ganze Gebiet im Winkel zwischen Hunte und Weser umfasste, die direkte Lage an der sogenannten "ostfriesischen Straße", die in Schlutter von der "flämischen Straße" abzweigte und die wohl die beiden wichtigsten Verkehrswege dieser Gegend im ganzen Mittelalter waren, die Nähe der Volksburg bei Dehlthun und des alten Gaugerichtes im Thienfelde, führte dazu, dass hier im Jahr 1052 die erste steinerne Kirche erbaut wurde und zwar als Gaukirche. Darum sind auch die Ausmaße dieser Kirche weit größer als die der üblichen Dorfkirchen. Darüber hinaus richtete der Graf von Oldenburg in Ganderkesee auch einen Markt ein, der mit dem jährlichen Kirchweihfest verbunden war.

Zur Sicherung des ganzen Gebietes erbauten die Grafen von Oldenburg um 1260 die Burg Delmenhorst. Die um die Burg entstandene Siedlung ist im Jahre 1371 zur Stadt erhoben worden. Mit Ausgang des Mittelalters gab es Ganderkesee nur noch drei adelige Güter und zwar Elmeloh, Nutzhorn und Holzkamp. Während der Jahre 1667 bis 1773 war das Land dänisch. Der Oldenburger Grafenstamm des Hauses Holstein-Gottorp regierte es dann ab 1773 bis 1918. Durch die landesväterliche Fürsorge des Herzogs Peter Friedrich Ludwig konnte Ganderkesee, das zur Dänenzeit sehr verwahrlost war, wieder gesunden. Landbau, Viehzucht, Forsten, Straßenbau und Schulwesen hat er trefflich gefördert. Auch die durch die Franzosen entstandenen Schäden (1811 bis 1813) half er zu überwinden. Er regierte von 1785 bis 1829.

Innerhalb von 100 Jahren brachen in Ganderkesee dreimal Feuersbrünste aus und vernichteten jedes Mal fast das ganze Dorf. Früher bildete der Ort ein geschlossenes dichtes Dorf. Die Häuser drängten sich dicht um die Kirche. Die alten Häuser waren natürlich mit Stroh gedeckt und es ist leicht erklärlich, dass, wenn erst einmal ein Haus brannte, das Feuer schnell um sich griff. Da es früher noch keine Brandversicherung gab, brachten solche Feuersbrünste immer große Not über die Bevölkerung. Nachdem die Häuser nun dreimal niedergebrannt waren, entschlossen sich die Einwohner, am Dorfrand zu siedeln.

Nach den Befreiungskriegen wurde Ganderkesee 1814 ein Amtssitz. Das Amt Ganderkesee umfasste die Kirchspiele Hude und Ganderkesee. Der Amtssitz wurde später nach Falkenburg ins Amtshaus verlegt, das jetzt im Besitz des Lutherstiftes ist.

Durch Beschluss des Landesministeriums vom 01. 01.1987 wurde Ganderkesee der Status einer selbständigen Gemeinde verliehen.