Der Ort Ganderkesee ist eine uralte Siedlung, die hier auf der hohen, trockenen Geest schon vor Jahrtausenden in der Steinzeit angelegt wurde, was Bodenfunde beweisen (so u.a. die archäologischen Funde im Gewerbegebiet Ganderkesee-West). Urkundlich erwähnt wird Ganderkesee zuerst im Jahre 860 nach Chr. als "Gandrikesarde". Der Name setzt sich aus dem germanischen Vornamen "Gandrik" und "Arde" (Erde) zusammen.

Ganderkesee war in verschiedener Hinsicht sehr gut gelegen:
- im Mittelpunkt des westlichen Largaus (mittelalterlicher Gau im Herzen Sachsens), der das ganze Gebiet im Winkel zwischen Hunte und Weser umfasste,
- direkt an der sogenannten "ostfriesischen Straße", die in Schlutter von der "flämischen Straße" abzweigte und wohl eine der beiden wichtigsten Verkehrswege dieser Gegend im ganzen Mittelalter war,
- nahe der Volksburg bei Dehlthun und dem alten Gaugericht im Thienfelde.
Diese Lage führte dazu, dass hier im Jahr 1052 die erste steinerne Kirche erbaut wurde und zwar als Gaukirche. Darum sind auch die Ausmaße dieser Kirche weit größer als die der üblichen Dorfkirchen. Darüber hinaus richtete der Graf von Oldenburg in Ganderkesee in Verbindung mit dem jährlichen Kirchweihfest einen Markt ein.

Zur Sicherung des ganzen Gebietes erbauten die Grafen von Oldenburg um 1260 die Burg Delmenhorst. Die um die Burg entstandene Siedlung ist im Jahre 1371 zur Stadt erhoben worden. Mit Ausgang des Mittelalters gab es in Ganderkesee nur noch drei adelige Güter und zwar Elmeloh, Nutzhorn und Holzkamp. Während der Jahre 1667 bis 1773 war das Land dänisch. Der Oldenburger Grafenstamm des Hauses Holstein-Gottorp regierte es dann ab 1773 bis 1918. Durch die landesväterliche Fürsorge des Herzogs Peter Friedrich Ludwig (1785 bis 1829) konnte Ganderkesee, das zur Dänenzeit sehr verwahrlost war, wieder gesunden. Landbau, Viehzucht, Forsten, Straßenbau und Schulwesen hat er trefflich gefördert. Auch die durch die Franzosen entstandenen Schäden (1811 bis 1813) half er zu überwinden. 

Innerhalb von 100 Jahren brachen in Ganderkesee dreimal Feuersbrünste aus und vernichteten jedes Mal fast das ganze Dorf. Früher bildete der Ort ein geschlossenes dichtes Dorf. Die Häuser drängten sich dicht um die Kirche. Die alten Häuser waren mit Stroh gedeckt, so dass das Feuer schnell um sich greifen konnte. Da es früher noch keine Brandversicherung gab, brachten solche Feuersbrünste immer große Not über die Bevölkerung. Nachdem die Häuser nun dreimal niedergebrannt waren, entschlossen sich die Einwohner, am Dorfrand zu siedeln.

Nach den Befreiungskriegen wurde Ganderkesee 1814 Amtssitz. Das Amt Ganderkesee umfasste die Kirchspiele Hude und Ganderkesee. Der Amtssitz wurde später nach Falkenburg verlegt. Das damalige Amtshaus befand sich danach lange im Eigentum des Lutherstiftes.

Die Gemeinde Schönemoor wurde 1972 nach Ganderkesee eingemeindet. Durch Beschluss des Landesministeriums vom 15. Juli 1987 wurde Ganderkesee der Status einer selbständigen Gemeinde verliehen.